Antes del año 927 se sabe muy poco acerca de Noja. En el Cartulario de Santa María del Puerto, la iglesia parroquial de la cercana Santoña, aparecieron posteriormente citas sobre varias iglesias y edificios dedicados al culto religioso situados en el territorio nojeño, como la ermita de San Juan, las ruinas de las ermitas del barrio de Helgueras o la de San Pedruco, en Ris, ubicada en un islote cercano a la playa, de gran veneración popular.
En el año 1084 aparecen documentados el monasterio de San Pedro junto con San Lorenzo de Garbilios (hoy Garbijos), emplazado en Helgueras. Con el paso del tiempo, éste segundo desapareció y lo que se mantiene es la actual parroquia que, con diferentes reformas, a partir del siglo XVI se convirtió en el edificio de agradable visita que hoy conocemos.
Alrededor de estos edificios religiosos se instalaron los primeros núcleos de población. En Garbijos, un lugar protegido por los montes Brusco y Sierra de Castillo, comenzó a crecer un núcleo de población formado por sirvientes y monjes, que supieron aprovechar todos los recursos de la zona: buenas tierras de cultivo, marisma y mar. De esta forma, la vida de los primeros pobladores de Noja estuvo basada en pequeñas comunidades de economía autosuficiente, que fueron creciendo en forma de barrios, y que vivían de la pesca, la agricultura y la ganadería.
Su vida política se regía por una junta, concejo o asamblea general, que dependía de la Junta de Siete Villas, paradójicamente nueve: Isla, Arnuero, Castillo, Ajo, Bareyo, Güemes, Meruelo, Soano y Noja.
El 23 de enero de 1644, los nojeños solicitaron al rey Felipe IV su independencia de la Junta de Siete Villas, alegando servicios a la Corona y pagando a la Hacienda Real 500 ducados. Meses más tarde, el 9 de marzo, el rey concedió la merced de la Vara de Alcalde Ordinario, adquiriendo automáticamente la categoría de Villa y rigiendo sus propios destinos de forma independiente.
Desde entonces Noja ha llevado una vida tranquila, consecuente con su carácter de pequeña villa. Los nojeños destacaron como artesanos de la piedra, campaneros y ebanistas. Tan solicitados que, de su mano, el nombre de Noja llegó hasta lugares tan grandiosos y universales como los Jerónimos de Lisboa, o las catedrales de Burgos y de Colonia.
Las familias tradicionales, de las cuales queda constancia en los escudos que blasonan las casonas y palacios de la Villa, alumbraron también ilustres figuras que dejaron su huella en la historia de Cantabria y de España en una proporción verdaderamente sorprendente. Quizá el más destacado sea Luis Vicente de Velasco e Isla, un capitán de navío de la Armada Real que inmortalizó su figura en la defensa de “El Morro de la Habana” frente a los ingleses. Fue tan admirado y temido por sus enemigos británicos, que hasta hace pocas décadas aún disparaban salvas de honor cuando sus navíos pasaban frente a la costa nojeña.
Y así, piedra a piedra y gesta a gesta, la villa de Noja ha llegado hasta nuestros días, convertida en un referente histórico y cultural para la zona.